The most crucial step in molecular microbiology studies is choosing an appropriate procedure to obtain sufficient, high-quality DNA. Two commercially available kits (QIAamp DNA Stool Mini Kit, Qiagen and PSP Spin Stool DNA Plus Kit, Invitek) and a modified in-house phenol-chloroform extraction method was compared for their efficiency in isolation of certain bacteria from human stool samples for Real-Time qPCR. DNA yield was significantly higher in Invitek when compared to other methods. Spiking experiments and qPCR results revealed that efficiency was in phenol-chloroform extraction was lower when compared to other two commercial kits. Commercial kits have better results in terms of DNA recovery and purity, and have more accurate results for qPCR experiments.
Moleküler mikrobiyoloji çalışmalarında en önemli basamak yüksek kalitede yeterli DNA eldesidir. Bu çalışmada iki hazır ticari izolasyon kiti (QIAamp DNA Stool Mini Kit, Qiagen and PSP Spin Stool DNA Plus Kit, Inivtek) ve modifiye fenol-kloroform ekstraksiyon yöntemi Real-Time qPCR analizleri için belirli bakterilerin dışkıdan izolasyonundaki etkinleri bakımından karşılaştırılmıştır. DNA miktarı Invitek kitinde en yüksek oranda elde edilmiştir. Dışkıya ve PCR karışımına bilinen miktarda hücre ve DNA eklenme deneyleri ve qPCR sonuçları fenol-kloroform ekstraksiyon yönteminin etkinliğinin düşük olduğunu göstermiştir. Hazır ticari dışkıdan izolasyon kitleri DNA eldesi ve saflığı açsıından qPCR deneylerinde kullanılmak üzere daha doğru sonuçlar vermektedir.
Download Article in PDF (472.0 kB)